In der Arduino IDE gibt es einen Button um das Programm zu checken, ohne es zu übertragen. Damit kannst du zumindest prüfen, ob Sachen wie pthread im Prinzip gehen.

Die IDE wird auch, wie die Zip-Version der normalen Arduino 1.5.x, nur entpackt nicht installiert.

Doku ist auch wieder bei MS besser:
http://ms-iot.github.io/content/SampleApps.htm
http://msdn.microsoft.com/en-us/libr.../bg126469.aspx