Eine Lösung beim Due den Flash zu beschreiben habe ich noch nicht gesehen. Meines Wissens nach gibt es da auch kein Gegenstück zur EEPROM-Funktion der kleinen Arduinos.

Wenn ich nur einfache Konfigurationsdaten speichern will, nehme ich bei den anderen Controllern EEPROMs von Microchip mit I2C-Anschluss, normalerweise den 24LC256. Die gibt es auch mit DIP-Gehäuse, dadurch kann man sie als steckbare Speichermodule verwenden. Es gibt auch größere, wie den 24LC1024 und schnellere mit SPI (25LC...).

Ansonsten "füttere" ich den Due von einem anderem Board. Entweder vom Beaglebone, der kann über USB auch gleich die Stromversorgung vom Due erledigen. Oder von einem zweiten Controllerboard über UART. Das sind dann ein EA LPC4088 Quickstart Board (hat 32 MB SRAM und 8 MB Flash auf dem Board) oder das Freescale Freedom K64F mit Mikro-SD Steckplatz (bis 32 GB).