Hallo,

völlig unleserliche und unverständliche AVR-Codes kannst du für den Due vergessen. Da brauchst du unleserliche und unverständliche SAM3 Codes.

Die ARM Cortex liefern zwar das Grundgerüst, aber Timer sind bei ARM Controllern dann wieder herstellerspezifisch ausgeführt. Da hilft nur ein Blick in dieses schöne 1800 seitige Datenblatt vom Prozessor ...

Das ist ein Grund, warum mein Due meist unbenutzt rumliegt. Einfache Timergeschichten gehen mit mbed-fähigen ARM Controllern viel einfacher.
http://developer.mbed.org/handbook/Ticker
http://developer.mbed.org/handbook/RTOS#rtos-timer
Wenn das nicht reicht, wird es aber auch wieder herstellerspezifisch ...

Der Beaglebone läuft ja normalerweise unter Linux, da werden die Timer des ARM vom Betriebssystem verwendet. Es gibt allerdings auch Timereingänge z.B. zur Frequenzmessung. Für zeitkritische Hardware Sachen hat der Beaglebone die PRUs, das sind zwei eigene Kerne (kein ARM, kein Linux) auf dem Chip.

Quadraturencoder lesen ist bei solchen Prozessoren wie dem TI Sitara aber auch als Hardware verfügbar:
http://www.adafruit.com/blog/2014/07...eagleboardorg/