Bei der Frequenz sollte EMV noch nicht sehr kritisch sein.
Es gibt bei den meisten StepUp-Wandler einen Layoutvorschlag in dem auf Masseführung der kritischen Bauteile Wert gelegt wird. Wenn du dich an so einem Vorschlag orientierst kann nicht viel schief gehen.
Der Eingangselko sollte der Stromquelle angepasst sein. Du musst bei 50V Uout mit etwa dem 4fachen Eingangsstrom rechnen. In vielen Vorschlägen sind Eingangs- und Ausgangselko gleich groß. Bei einer leistungsfähigen niederohmigen Stromquelle kann der Eingangselko aber sicher kleiner gewählt werden.