Nein, so funktioniert das nicht, du fragst den Timer nicht ab, sondern der Timer selber löst eine kleine Unterfunktion (ISR, Interrupt Service Routine) aus, in der du dann deine Pins umschalten kannst. Du musst dir das so vorstellen, dass du einmal deine Hauptschleife hast, in der allgemeine Sachen drin stehen und die sich immer wiederholt, wenn sie abgearbeitet wurde -> Abarbeitungszeit ist nicht konsistent, da durch abweichende Abläufe die Zeit verändert werden kann (zB. in einer If-Verzweigung wird nur ein Pin abgefragt und im Else-Zweig kommen eine komplexe berechnung und Ausgabe auf einem Display -> dauert viel länger). Die Timer sind nun so, dass man ihnen eine Zahl vorgeben kann, welche die Anzahl an Taktzyklen ist, die der Timer zählt, bis er sich wieder zurücksetzt und die ISR auslöst. Dadurch wird das, was in der ISR ist, in einem festen Intervall ausgeführt. In der ISR lässt sich dann der der Zählwert wiederrum verändern, wodurch man auch Einfluss auf das Intervall hat. Die ISR an sich sollte eher kurz gehalten werden, alles, was länger braucht, gehört in die Hauptschleife. So bekommt man mit den Timern eine ziemlich gute zeitliche Kontrolle und kann so recht präzise zeitliche Abläufe koordinieren. Und guck dir wirklich mal den Artikel im Tutoril zu den Timern an, anscheinend hast du das nicht gemacht, sonst wär dir das mittlerweile klar.