Nun zur Frage: Warum ist die Parallele Variante so bevorzugt und könnte ich wenn ich mir die Serielle baue/kaufe dann auch noch ohne umstecken Daten zum PC senden oder würde das konflikte geben?
Warum der Parallele Programmieradapter so bevorzugt wird weiss ich nicht. Da ich mit meinem Parallel-ISP für 12 Euro prima zurecht komme habe ich da auch noch nie drüber nachgedacht.

Einige AVRs (nicht alle), z.B. ATMega8, ATMeag16 usw. unterstützen auch einen Bootloader. Das ist ein kleines Programm, das du einmalig mit dem Parallelport-ISP in den Controller laden kannst.
Anschliessend kannst du den Controller mit einem ganz normalen seriellen Kabel programmieren.
Vielleicht ist das für dich ja eine Alternative zum seriellen Programmieradapter.
Bootloader und das PC-Programm um Programme übers serielle Kabel auf den Controller hochzuladen findest du hier im Forum, einfach mal nach "Bootloader" suchen.

dann auch noch ohne umstecken Daten zum PC senden oder würde das konflikte geben
Ich weiss nicht genau, wie du die Frage meinst. PC-seitig ist die serielle Schnittstelle belegt, wenn du da das Kabel mit dem Controller dran hast.
Zwischen Controller und PC kannst du aber weiterhin ohne umzustecken Daten austauschen.

Nach dem Einschalten sendet der Controller bei mir immer erst mal ein paar Sekunden irgendwelchen Datenmüll an den PC. Nach diesen paar Sekunden kann ich dann aber ganz normal Daten austauschen. Kann sein, dass man den Datenmüll am Anfang irgendwie vermeiden kann, habe ich bisher noch nicht probiert.
In "Megaload" - das ist die oben erwähnte Software zum Übertragen der Programme von PC zum Controller - ist sogar ein kleines Terminal-Programm mit drin. Du kannst aber auch jedes andere Terminal-Programm verwenden, musst das nur während der Programmierung des Controllers schliessen, weil Windows meckert, wenn 2 Programme gleichzeitig auf denselben ComPort zugreifen.