Deine Fragen kann man ganz allgemein damit beantworten: Das hängt davon ab was du für eine Software schreibst.
Letztendlich gehen die Fragen ja alle in die Richtung: Wie kann ich den RP6 mit dem Arduino kommunizieren lassen. Dafür gibt es verschiedene Möglichkeiten. Z.B. Seriell oder I2C o.ä.

Wenn man erst mal mit miteinander kommunizieren kann ist der Rest recht einfach.

Um im Detail auf deine Fragen einzugehen

Wird es dann möglich sein diesen - am uno hängenden HC - vom RP6 aus abzufragen?
Ja. Der uno könnte z.B. kontinuierlich Messen und du fragst vom RP6 aus das letzte Messergebnis ab

oder wird der uno "beauftragt" das für den RP6 zu tun?
Kann man auch machen. Der RP6 triggert eine Messung und bekommt das Messergebnis zurück

sollte der HC nun am RP6 angeschlossen sein, wird man den vom uno aus abfragen können?
Siehe die letzten beiden Fragen nur umgekehrt.

Letztendlich sitzen auf beiden Boards AVR Controller drauf. Man kann also den Code für die Sensoren beinahe komplett übertragen wenn man nicht zusehr auf die Arduino Bibliothek aufbaut.