Ich hatte in meinem Kettenfahrzeug mal so ähnliche Fahrtenregler drin.
Die Programmierung funktionierte zumindest genauso.
Ich habe zuerst den Schalter des Fahrtreglers entfernt und durch einen Optokoppler ersetzt.
Der mittlere Anschluß (+5V, meist rot) des Empfängeranschlusses muß herausgezogen und isoliert werden.
Darüber wird normalerweise der Empfänger mit Strom versorgt (BEC) und würde sonst eine Spannung auf deine µC Schaltung legen.
Also nur die Signalleitung und den GND anschließen.

Ich hatte dann damals folgende Reihenfolge in meinem Programm:
1. Fahrtregler und µC werden mit Spannung versorgt
2. der µC erzeugt das Nullstellungssignal (1,5mS/18,5mS)
3. ca. 1 Sekunden warten
4. der µc schaltet über einen Ausgang den Optokoppler durch.
Das ist dann so als ob der kleine Schalter eingeschaltet wird.
5. wieder 1,5 bis 2 Sekunden warten (wichtig!) damit der Regler die Neutralstellung erkennt.
6. jetzt konnte ich mit dem jeweiligen Signal problemlos vor und zurückfahren.

Wenn trotz dieser Massnahmen dein Regler so nicht funktioniert dann teste ihn mal an einer RC Anlage um einen Defekt auszuschliessen.
So kannst Du auch die genaue Vorgehensweise beim Einschalten und Programmieren feststellen.

Gruß
m.artmann