Unter Linux kannst du höchstens Mono [1] nutzen. Inwieweit das auf einem Raspi bzw. Beaglebone läuft ... Ich wage es zu bezweifeln dass du damit an den I2C oder die GPIO's ohne Probleme rankommst, sollte Mono überhaupt auf Arm laufen....

[1] http://de.wikipedia.org/wiki/Mono-Projekt