Code:
	PORTC = 0b0100000; // Rote LED	
	_delay_ms(1000);	//
	PORTC = 0b0000000;
	PORTC = 0b0000100;	// Gelbe LED
Das Problem ist einfach .... du überschreibst den Wert und machst keine Verknüpfung mit |= bzw &=

PORTC=xxx. Setzt alle werte in diesem Register

PORTC |= (1<<5); // setzt das 5te Bit und lässt alle anderen so wie sie sind
PORTC &= ~(1<<5); // löscht das Bit 5 und lässt alle anderen so wie sie sind

Gruß
Georg