Hi,

die KISS-Regler sind für Multicopter gemacht, das sollte also passen.
Dein neues Layout ist ... naja.
Die große Fläche unter dem XMega ist kontra-produktiv, es sei den, du schließt sie noch an GND an.
Du hast keinen Anschluss für einen Kompass, ohne den wird mit dem PH / CH / WP schwierig bis unmöglich.
Die Masseführung hab ich jetzt nicht überprüft, sieht aber auf den ersten Blick auch sehr verwinkelt aus.
Außen, am Rand die Versorgung für die Motoren zu verlegen ist auch eine eher schlechte Idee, das führt nur zu Problemen, v.a. wenn du den MPU mal mit 16MHz SPI betreiben willst. Da läuft ja ständig gepulste Gleichspannung im 10-100A Bereich drüber.
Außerdem ist das ganze viel zu groß, das ist aber kein wirklicher Kritikpunkt

Gruß
Chris