Ein kleinere Amplitude reduziert das Problem mit dem Abklingen nicht wirklich. Es wird halt beides kleiner: die Störungen und das Signal. Was man machen kann, ist so ähnlich wie hier mit der Modulation, einen Phasensprung einzubauen und die Amplitude damit so gut es geht zurück zu fahren - ggf. könnte man dass sogar in einer Art Regelschleife Optimieren. Das geht halt schneller als der Exponentielle Abfall, geht aber nicht perfekt. Über die Beschaltung (Lastwiderstand passend zur Impedanz) kann man die Dämpfung ggf. auch noch etwas erhöhen. Es hängt dann stark davon ab, wie stark das Hindernis zurück streut, ob das Echo stärker ist als das unvermeidliche Nachklingen.
Realistische Chancen hätte ggf. die Nachregelung der Anregung, so dass man mit fast 0 Amplitude aufhört. Also direkt nach der Anregung schon messen, und die Anregung automatisch so anpassen (Nachregeln der Phase bzw. Frequenz und der Stärke des Dämpfungspulses), dass man direkt nach der Anregung fast kein Signal bekommt. Um wirklich nahe 0 zu kommen wird man vermutlich nachregeln müssen, denn mit der Temperatur wird sich die Frequenz/Dämpfung etwas verschieben.

Eine andere Möglichkeit wäre ggf. noch absichtlich nicht bei der Resonanzfrequenz zu senden und Empfangen, sondern ein paar kHz daneben, so dass man das Signal von der Resonanz unterscheiden kann. Das erfordert allerdings schon eine relativ Aufwendige Auswertung, etwa mit Phasenstarrer Detektion.

Vom Aufwand ist aber der 2. Transducer wohl einfacher.