Man kann aus deinen Bildern nicht erkennen, wo was hingeht. Mach es übersichtlicher und speicher die Grafiken gleich als png, dann wird es auch nicht matschig.

Am HW-SPI dürfen natürlich Slaves hängen, auch wenn der AVR selbst beim Programmieren ein Slave ist.
Bei SPI hat jeder Slave ein CS, wenn das auf High liegt, ist SPI nicht aktiv. Sorge also dafür, dass die SPI-Slaves im Reset-Fall alle ihre CS auf High bekommen (Pullups?), dann klappt es auch mit dem Bus
Koppel (Serien?)widerstände würden die Flanken verschleifen und nur die Symptome bekämpfen, nicht die Ursache.

Gruß, Michael