In der Realen HW kann man per Toogle/Signal Pin messen.

Das Zählen / Aufaddieren der Takte kann einem größtenteils der Simulator abnehmen: einfach 2 Break-Punkte auf den Anfang und das Ende der ISR, und dann den Zyklenzähler nutzen. Der Aufwand hält sich so in Grenzen - mit etwas Übung eher einfacher als über die Hardware.