Das Namenssystem bei den Xmegas ist neu: Erst kommt die Flash Größe (Hauptteil), dann die Peripherie, dann die Gehäusegröße. Die Varianten A,B,..E haben unterschiedliche Peripherie. Da sind dann auch zum Teile neue Teile bei, die man so nicht kennt. Oft hat man relativ viel Peripherie (mehrere UARTs, 16 bit timer, schneller 12 Bit ADC) im Vergleich zu den klassischen Megas.

Ein paar Nachteile gegenüber den alten klassischen Megas hat man schon, die aber nicht immer relevant sind:
- maximal 3,6 V
- nur SMD Bauformen, kein DIP
- neuer Programmer nötig