Ich hatte wohl doch nur Glück.
Das setzten von TWCR |= (1<<TWINT); in der ISR bringt ein paar mal etwas und das Programm läuft weiter (eine LED an der Stelle, wo ich TWCR |= (1<<TWINT) setze, schaltet um) aber nur für weitere 10 Sekunden... danach bleibt das Programm wieder stehen...
SDA und SCL sind beide High! (dauerhaft)

Da ich mir nun beim besten Willen nicht vorstellen kann, wo das Problem nun liegt werde ich für die Ansteuerung auf PPM o.ä. umsteigen.

Es ist etwas komisch, da das ansprechen der Regler ja bereits funktioniert, ich kann nacheinander z.B. immer größere Werte übergeben, sodass der Motor hochfährt. Nur zusammen mit dem MPU6050 nicht. Aber ich kann wiederum von diesem Sensor die Werte auf einem LCD-Display ausgeben lassen.

Es wäre natürlich weiterhin praktisch wenn jemand eine Lösung hätte I2C zu resetten bzw. wenn die ISR ausgeführt wird, die Schleife zu unterbrechen und an anderen bestimmen Stelle weiterzumachen.

mfg