Wegen deiner genannten 40m brauche ich eben den Offset durch die PWM, um den vollen Bereich ausnutzen zu können.
Das Verfahren scheint mir insgesamt recht umständlich zu sein. Die Restwelligkeit des PWM liegt dann verstärkt am ADC an, das bringt zusätzlichen Ärger.

Man könnte sich folgendes Verfahren näher ansehen:

Der MC erzeugt eine PWM, über eine RC-Kombination macht man daraus eine Gleichspannung (schwach wellig im Bereich weniger Millivolt). Diese Spannung kommt auf den einen Eingang eines Komparators, auf den anderen Eingang das Sensorsignal (eventuell vorverstärkt und geklippt auf den interessierenden Bereich). Für das Ausgangssignal des Komparators gibt es 3 Möglichkeiten:
entweder Low, High oder rechteckig im Takt der PWM, nämlich genau dann, wenn die Sensorspannung im Bereich der Restwelligkeit des geglätteten PWM-Signals liegt. Die PWM regelt man auf Gleichtakt des Komparatorausgangs.
Vorteil: mit einem 16-Bit Zähler kommt man schon mal auf 16 bit Einstellbarkeit der PWM. Wenn man den Mittelwert von mehreren Durchläufen nimmt, kann man noch interpolieren. Einen Komparator haben viele MC schon eingebaut.

Die max. Flugzeit liegt bei etwa 30Min (hoch geschätzt), wenn der Wert dann um ein oder zwei Meter driftet ist das vernachlässigbar (ich wüsste auch nicht, wie man das kompensieren könnte?!)
Bei einem Wetterumschwung können das auch mal 100 Meter pro halbe Stunde werden. Man könnte am Boden einen zweiten Sensor plazieren und dessen Werte per Funk an das Fluggerät übermitteln, zwecks Differenzbildung. Wenn man dann auch noch die Temperatur misst, könnte das schon ziemlich genau werden.