Kannst du dein Problem mal so aufschreiben, dass man es auch versteht? Was veränderst du am Timing? Gibt es eine Bedingungen unter der das System so läuft wie du es dir vorstellst? Grundsätzlich ist die Ansteuerung von Schrittmotorsteuerung mit Takt-/Richtung über Arduino ziemlich einfach. Ein Beispiel findest du hier:
http://www.schrittmotor-blog.de/anst...n-mit-arduino/

Mit freundlichen Grüßen
Thorsten Ostermann