Ich betreibe derzeit zwar nur eine einzige Entwicklungsumgebung, aber auch die habe ich in einer VM (mit dem kostenlosen VMware Player) versenkt - und bin wirklich glücklich damit. Solange alles über USB läuft überhauptkein Problem.
Da habe ich das Desktop gänzlich auf Arduino eingerichtet, der Editor ist darauf spezialisiert und sie verwendet eigene Backup-Skripte. Zudem kann ich sie per USB-Stick mit in die Firma oder zu Bekannten transportieren und arbeite dort nahtlos 1:1 in gewohnter Umgebung weiter.

Kann das nur weiterempfehlen. Auch in meiner momentanen Umstelllungsphase von XP auf Win7 bin ich sehr glücklich über diese saubere Abschottung und Transportmöglichkeit. Arduino ist unabhängig vom Rest der Welt und umgekehrt. Wenn ich mal eine 2. Umgebung benötige werde ich diese mit Sicherheit in einer 2. VM einrichten.

Da mag jetzt auf Abhieb zwar etwas überdosiert klingen aber es hat sich die letzten Monate durchaus bewährt - nur mal so als Vorschlag zum 'drüber nachdenken.