Die Frage wurde doch schon im Eingangspost beantwortet, die Richtungsleitung wird für alle Module an einem µC-Pin zusammengefasst.

Der Multiplexer wird nur nötig, wenn man unbedingt viele Pins braucht, sonst würd ich mir den Aufwand nicht machen.

Wozu brauchst du einen PWM-Pin? Zur Schrittgenerierung braucht man keine PWM, sondern muss die Schaltfrequenz möglichst präzise einstellen können. Das Tastverhältnis, das die PWM ausmacht, ist dabei völlig irrelevant, da immer nur bei einer steigenden bzw. fallenden Flanke ein Schritt ausgeführt wird. Sowas lässt sich mit einem Timer sehr gut bewältigen, da kann man dann auch jeden beliebigen Output-Pin nehmen.