Motor schalten über Mosfet und Transistor

[Valen]

Also die beiden Schalter sind in realität mechanisch so verbaut, dass immer nur einer gedrückt werden kann. Wenn ich den Motor rechts herum drehe (Schalter S1 betätigt) dann reagiert der Controller und schaltet den Motor bei einem bestimmten eingestellten Motorstrom ab.
In die andere Drehrichtung (Schalter S2 gedrückt) soll dies nicht der Fall sein. Daher der Motor ist nicht abschaltbar.

Ok, so habe ich das auch verstehen.

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...Der MCU resettet sich wenn ich den Motor komplett blockiere und dann wieder frei drehen lasse....

Du hast auch noch einer andere Anfänger-fehler gemacht. Ich sehe kein Puffer-condensatoren an deine Spannungsversorgung-eingang und Ausgang, und Vcc und GND von dein Microcontroller. Nur an AVCC. Durch blockieren der Motor wird viel Strom aus den Batterie gezogen, und bricht den Batteriespannung zusammen. Wie viel ist schwer zu zagen ohne Oszilloskop. Aber Condensatoren an dem Eingang der Spannungsregulator und Microcontroller wurde das unterstützen.