Ich habe bisher nur mit magnetischen Encodern gearbeitet (die allerdings viel höhere Auflösungen haben) und für die ist es so wie Du sagst: das Quadratursignal ist z. T. erheblich asymmetrisch, also die Phasenverschiebung zwischen den Teilsignalen ist durchaus nicht konstant 90° sondern variiert. Aber Dein Argument (soweit ich Dich richtig verstanden habe) sehe ich trotzdem nicht ganz ein. Du verzichtest auf eine vierfach höhere Auflösung, weil Du bei dem (dann viermal kleineren!) Inkrement einen gewissen Fehler erwartest?

Das Problem bei der Auswertung mit PCINTs ist ja nur, dass das potentielle Prellen des Encoders den µC ausbremsen kann. Bei den o. g. magnetischen Encodern habe ich Prellen nie beobachtet, insofern hat die Auswertung über pin change interrupts auch immer gut funktioniert (aus Ehrfurcht vor den mc.net Profis mache ich es trotzdem meist über einen Timer Interrupt ). Ich könnte mir vorstellen, dass insb. mechanische Encoder zum Prellen neigen, der an deinem Motor wird eher ein optischer sein, oder? Da würde man ja auch eine gewisse Signalnachbereitung erwarten, die zu eine Hysterese führt ... Just my two cents.

Gruß
Malte

P.S.: wie gesagt, ich weiß dass das nicht Dein vorrangiges Problem war, mir fiel es nur auf ...