was meinst du mit "makefile aufrufen"? Ein Makefile rufst du nicht auf, ein Makefile wird von vom dazugehörigen Programm "make" ausgewertet. Wenn Bascom das direkt auf den MCU lädt kann ich nix dazu sagen. Das Makefile was ich hier von WinAVR rumliegen hab benutzt avrdude (übers STK500) und da taucht nix von Bascom drin auf.
Wie Bascom Hex-Files in die MCU lädt sollten die im Bascom-Forum wissen.