Hallo,
du wirfst da ein paar Sachen durcheinander.
1. Die Arduino Sketche funktionieren nicht für den RP6, weil dort ein anderer Prozessor verwendet wird, der Mega32. Offiziell unterstützt werden von Arduino nur die Mega8/168/328 sowie Mega1280/2560.
2. Du benötigst auf dem Prozessor einen geeignetem Bootloader um die Sketche mit Arduino aufzuspielen.
Es gibt zwar Arduino Adaptionen für die Mega32, Mega644 Reihe, z.B. Sangunio und Arbotix. Aber dafür ist einiges an Anpassungen notwendig, damit es funktioniert.
Hier habe ich noch eine Anpassung gefunden:
http://www.mikrocontroller.net/topic/246951
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