Ja, das ist zunächst scheinbar nicht erklärbar.

Du kannst aber mit deinem Oszi und dem Frequenzmessprogramm definitiv Klarheit darüber bekommen, was deine Bake aussendet.
D.h.: Deine "Labor-Ausstattung" ermöglicht dir (ohne lange Exkurse hier im Forum) die Baken-Schaltung zu prüfen.

Checkliste:
- 36 kHz Grundfrequenz messbar/sichtbar (Messwert [kHz] hier einstellen!)?
- 2 Hz Modulation über der Grundfrequenz erkennbar (ggf. Foto des Oszi-Schirms hier einstellen!)?
- Wie sieht das Tastverhältnis der 2 Hz Frequenz aus (An:Aus-Verhältnis = 50:50, 60:40 ..., ggf. Foto des Oszi-Schirms!)?

Wenn du diese 3 Fragen beantworten kannst, kann man hier ggf. wieder mit Fragen zur Widerstandsberechnung für die IR-LEDs u.ä. durchstarten (aktuell ja alles nur Annahmen ohne Datenbasis) und später auch ein Programm schreiben, mit dem man die Bake auf dem RP6 identifizieren und ansteuern kann.