Wo wählt man wieviel Layer beim routen benutzt werden sollen?
Einfach bei allen nicht zu benutzenden Layern die bevorzugte Richtung auf N/A setzen.

Wo teilt man dem Auto-Router mit das er beispielsweise für eine Versorgungsspannung dickere Leiterbahnen nehmen soll!
Beim Layout erstellen einfach unter Edit/Net Classes die entsprechenden Leiterbahntypen erstellen und diese dann beim Layouterstellen verwenden.

Bei den anderen Fragen kann ich leider auch nicht helfen, kenn mich auch nicht so gut aus.

Gruss Tux