Eigentlich braucht man das nicht glätten, das machen die Induktivität und das Trägheitsmoment des Motors schon von selbst genug. Nagut, kommt auf die PWM-Frequenz an, wenn die ausreichend hoch ist sollte es aber gehen. Dass ein ungeregelter Motor bei niedrigen Drehzahlen schwach ist, ist eigentlich normal, da der Motor ja auch nicht viel Drehmoment braucht, um diese Drehzahl zu halten. Besser wäre es, eine Drehzahlregelung zu verwenden, denn dann würde die Spannung bei Abbremsen des Motors (=Aufbringen eines Lastmoments) vom Regler erhöht werden, wodurch in diesem Fall das Drehmoment steigt, bis die Drehzahl wieder stimmt. Warum dein Motor am Labornetzteil besser läuft, kann ich mir nicht so recht erklären. Was für eine Spannungsquelle verwendest du denn, wenn du nicht das Labornetzteil nimmst?