Ich würd mir mal die Differenzpegel direkt auf einem Oszii angucken, und wenn die dann wirklich "different", also mit scharfen Ecken sind, dann hast du 'nen Programmierfehler.
Ansonsten glaub ich das du die Busleitungen nicht richtig terminiert hast. Und zwar kenn ich das nur so: Zwischen A und B müssen wiederstände zur anpassung sitzen. Diese bestimmen dann wie das differenzsignal aussieht.
Also guck dir das mal an.