Also, ob Du nun gar keinen Timer-Vorladewert nimmst oder ihn aber von 5 starten lässt, dürfte beim 16-Bit-Timer absolut keinen Unterschied machen. Er zählt ja immerhin bis 65535... Dass die LED "blitzt" und nicht blinkt, ist ja aber schon mal sehr suspekt, da Du sie in der Timer-ISR ja toggelst.

Und wenn der Timer1-Interrupt nicht aktiviert ist, läuft das Programm ordnungsgemäß - habe ich das richtig verstanden?