Wie Thorsten schon sagte, kann man über die serielle Schnittstelle (dem MAX232) und einem Bootloader den Flash des Atmel beschreiben.

Der Bootloader muss vorher über eine andere Schnittstelle (serielles Programmieren mittels ISP oder paralleles Programmieren mittels High Voltage) aufgespielt werden.

Nützlich ist das ganze dann, wenn du ein Gerät entwirfst, bei dem der Platz für eine ISP Schnittstelle fehlt, oder aber dein Gerät an einer unzugänlichen Stelle ist, aber über die serielle Schnittstelle mit dem PC verbunden ist. Du kannst also im Nachhinein von der Ferne aus Programme draufspielen.

Ein einfacher und zugleich relativ sicherer ISP Programmer findest du unter www.mikrocontroller.net im Tutorial.

Viele Grüße
Flite