Die Ausgänge werden je nach Programm entweder mit 5V oder GND ( = Ground = Masse = "Minus") verbunden. Somit brauchst du nur deine LED+Vorwiederstand an 5V anschließen und den "Minuspol" der Verbindung auf den Pin legen. Dieser schaltet dann alle 1s hin und her, somit leuchtet einmal die LED (5V -> GND = Potentialunterschied = Spannung = Strom kann fließen) oder eben nicht (5V -> 5V = gleiches Potential = keine Spannung = kein Strom = kein Licht)

Die Anschlüsse GND/VIN brauchst du in deinem Fall nicht belegen. GND ist wie bereits angesprochen, Bei VIN kann eine externe Spannung angelegt werden (Datenblatt beachten) die dann intern auf die 5V herab geregelt wird.

Deine Schaltung sieht dann so aus:
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(Für die anderen LED's gleich)

Die Berechnung des Vorwiderstands der LED läuft folgendermaßen ab:
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Für U_LED und I_LED musst du den Spannungsabfall (U) und den Strom (I) deiner LED (steht im Datenblatt) einsetzen.

grüße