Das Arduino Pro Mini hat den ATmega328 als µC verbaut. Dieser hat 3 Timerbausteine (2x 8Bit und 1x 16Bit).
Ich würde es damit versuchen.

Entweder du liest das/die Register TCNTx per Hand aus, oder du stellst einen Timer so ein, dass er alle 1ms einen Überlauf hat und einen Interrupt auslöst.