Da ich bei meinem 64bit System bisher keine Probleme feststellen konnte - gerade im Bezug auf Roboterentwicklung, rate ich zum 64bit System. Alle 32bit Programme können ohne Probleme verwendet werden und alle 64bit sowieso. Wenn man schon alles neu macht, dann lieber gleich mit der neusten Technologie, solange es keinen zwingenden Grund gibt die Alte zu nutzen.

In deinem Fall würde ich vorher die Hardware aller Rechner auf Kompatibilität zum 64bit System prüfen.