Der Code ist nur für Timer1. Für andere Timer hast du andere Registeradressen.
Der Duty Cycle ist das Puls-Pausen Verhältnis der PWM:

http://de.wikipedia.org/wiki/Tastgrad

Der Timer1 hat 2 PWM Kanäle bzw. Ausgänge, Pin 18 D4 -> OC1B und Pin 19 D5 -> OC1A.
Mit den Registern ocr1a und ocr1b stellst du die PWM der beiden Pins ein.
Du hast als einen Timer mit zwei (!) unabhängigen PWM Modulen.