Die Grenze für den Vergleich des Highbytes ist unkritisch. Wenn das Overflow Interrupt Flag gesetzt ist, kommen für das High-Byte vom ICP eigentlich nur Werte von vielleicht 0,1, 254 oder 255 in Frage. Durch eine Verzögerung bei der Interrupt-verarbeitung, also insbesondere durch einen anderen Interrupt oder anderes sperren von Interrupts hat man an beiden Ende ein paar mögliche Werte, aber die Reserve ist schon groß. Die anderen ISRs müssen nur sicher unter etwa 32000 Zyklen bleiben - das ist normalerweise kein nennenswertes Problem, wenn man nicht gerade in der ISR (von timer2) mehrfach Fließkommazahlen benutzt. Die jetzige ISR vom Timer 2 liegt mehr so bei 50-100 Zyklen.
Der Code sieht soweit gut aus, und sollte funktionieren. Den Fehler würde ich eher beim Signal suchen. Um dennoch mögliche Fehler besser zu erkennen wäre es besser nicht gleich in eine Frequenz umzurechnen, sondern erst nur die Zeit auszugeben, ggf. auch nicht auf die LEDs, sondern zum PC schicken.
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