Hast du eine LED dran, mit der du die verschiedenen Programmphasen sichtbar machen kannst? Die LED sukkzessive immer später im Programmablauf einschalten.Vielleicht bleibt der Controller in einer der Funktionen stecken.

Wie ist der Reset realisiert? Über den Programmer, oder über das Spannung einschalten? Gibt es da unterschiedliches Verhalten? Die Initialisierung nach dem Reset kann (zumindest bei PICs) je nach Resetursache (PowerUp, BrownOut, WatchDog, Sleep) durchaus unterschiedlich sein.