Nun die Frage: bekomme ich die Funktionen mit dem Bascom hin, oder sollte ich mich gleich mit der Assemblerprogrammierung vertraut machen?
Den ATMega kannst du bis 16 MHz takten und die AVRs brauchen laut Datenblatt für die meisten Instruktionen nur einen Takt.
Unter dieser Voraussetzung sind 2kHz nicht so schrecklich viel und eine 1/100 Sekunde relativ viel Zeit.

Verglichen mit CBasic ist Bascom wesentlich schneller, da es ein Compiler und kein Interpreter ist. Obs mit Bascom schnell genug ist hängt aber davon ab, was der Controller ganz genau machen soll und wie du das programmierst.
Offensichtlich solls ja noch ein bischen mehr sein als du oben beschreibst und selbst wenn die anderen Funktionen nicht zeitkritisch sind müssen sie irgendwann abgearbeitet werden.
Wenn du Kenntnisse in Assembler hats, kannst du die kritischen Routinen aber notfalls selber in Assembler schreiben und in Bascom einbinden.

Interessant ist für das was du vorhast vermutlich auch noch, ob der ATMega genug Interrupts und PWM Ausgänge hat. Das lässt sich im Datenblatt einfach rausfinden.

Wie hoch sollte die Taktfrequenz gewählt werden?
Was (ausser ein bischen höherer Stromverbrauch) spricht dagegen einfach die höchste Taktfrequenz (16 MHz) zu verwenden?