Die BC140 sind für 1 A Laststrom etwas knapp: Es sind zwar 1 A als maximaler Strom angegeben, aber da werde die Eigenschaften (Verstärkung und Sättigungsspannung) schon relativ schlecht. Auch braucht so eine Bahn ggf. zum Anfahren zeitweise mehr Strom - für einen Trafo ist das für 1 Minute kein Problem, wohl aber für einen Transistor. Wenn man die H-Brücke schon aus einzelnen Transistoren aufbauen will, dann wäre eine Mischung mit 2 NPN und PNP Typen passender, oder halt MOSFETs (auch n und p gemischt).
Sofern man die Drehrichtung nicht so oft wechseln will, kommt auch noch die Variante mit einem Relais zum Umpolen und dann nur einem Transistor / MOSFET in Frage. Das ist einfacher aufzubauen.

Es gibt auch AVR Controller mit 8 PWM Kanälen. Ganz unabhängig in der Regel nicht, weil je Timer i.A. nur eine Frequenz möglich ist, aber der PWM Wert kann natürlich unterschiedlich sein. Bei nicht so hoher Anforderung an die Frequenz ginge es ggf. auch per Software PWM - ist dann aber nicht mehr so ganz einfach zu programmieren und mit Einschränkungen.

Der Mega 8 hat 3 PWM Kanäle: einen bei Timer2 und 2 für Timer 1. Die Namen hängen vom Compiler ab, bzw. ob es um die Pins oder Register geht. Für mehr Kanäle würde sich z.B. der ähnliche Mega88 anbieten, mit 6 PWM Kanälen.