Um ein Zucken zu verringern kann man die Schrittflanke etwas Trapezförmig machen (mit einem Tiefpass). Sehr viel wird das vielleicht nicht helfen.
Wenn Du schon Mikroschritte eingesetzt hast dann gibt es natürlich grundsätzlich die Möglichkeit die Differenz zwischen Sollwert und Istwert auszuwerten und bei großen Differenzen mit Vollschritten zu arbeiten bei kleinen Differenzen mit Halbschritten oder Mikroschritten.