Ich habe es hinbekomen.
Ich habe den 32,768 kHz Quarz angeschlossen und den Programmer im AtmelStudio auf 500 Hz eingestellt.
Jetzt habe ich einen 16 MHz Quarz angeschlossen, die Entsprechende Fuse richtig eingestellt und alles läuft.

Eine Frage habe ich allerdings noch. CKDIV8 ist gesetzt. Kann ich die Fuse einfach deaktivieren, sodass der ATmega mit dem 16 MHz läuft?