Hm, ok. Auf dem Quarz steht JT 16.000 wenn ich mich nicht irre.

"Die Setup-Funktion wird nie aufgerufen!? "

Keine Ahnung. Ich gehe schwer davon aus, dass Sie aufgerufen wird. Standard Aufbau von Arduino Programmen sind halt die beiden Funktionen setup und loop.
setup wird am Anfang einmal aufgerufen. Und loop unendlich oft. Selber muss man die nicht aufrufen.

P.S.: Die Setup Funktion ist oben im Code vorhanden. Die Funktion ISR(TIMER1_COMPA_vect) {
Serial.println("X");
}

wird halt immer nur alle 4 Sekunden aufgerufen, egal, was ich in OCR1A schreibe.