Wie du das UART initialisierst, steht im Datenblatt von dem ATMEGA(der Abschnitt heist sogar so.). Im Prinzip musst du nur das Bit RXEN setzen und die Baudrate in UBRL einstellen. Das Datenblatt gibt's etwa bei atmel.de .
Dann wartest du in einer Endlosschleife darauf, dass das RXC-Bit gesetzt wird, guckst in UDR, was für ein Byte angekommen ist und machst dann das, was der Befehl bedeutet. Danach setzt du RXC wieder auf 0 und kehrst in deine Schleife zurück.
Das Ganze geht auch noch eleganter mit Interrupts(frag' ggf. nochmal nach).