joa... Hab ich auch schon einige male gemacht bzw auch im Forum schon das Thema gehabt.

Massen sollen gleich sein am Atmega und am Empfänger. Stromversorgung des Empfängers herstellen.
(z.b. einfach 5V von Atmega-Stromversorgung verwenden)
Dann einfach von dem Kanal, den du auswerten möchtest das Signal vom Steckerchen an einen Pin des Atmega hängen.
Auswerten dann über Timer/Interupt ... oder wenns nicht Zeitkritisch ist geht auch PulseIN.

Hast du evtl. den Falschen pin (Signal) am Empfänger angeschlossen ?
... oder vieleicht hat der Empfänger garkein Strom... oder keine Verbindung zur Funke ?