Laut Datenblatt und auch meiner Erfahrung wird der Mega328 mit 1MHz Takt ausgeliefert.
The device is shipped with internal RC oscillator at 8.0MHz and with the fuse CKDIV8 programmed,
resulting in 1.0MHz system clock.
Mit einem AVRISP MKII würde ich das AVR-Studio oder AVRDude für das programmieren des Bootloader verwenden.