Danke, habe es jetzt für den Port PB1 (bzw. OC1A) hinbekommen. Wie es jedoch für die anderen Ports geht bleibt mir schleierhaft.

Lösung für PB1
Code:
DDRB |= (1<<PB1); // Port OC1A mit angeschlossener LED als Ausgang
TCCR1A = (1<<WGM10) | (1<<COM1A1); // PWM, phase correct, 8 bit.
TCCR1B = (1<<CS11) | (1<<CS10); // Prescaler 64 = Enable counter
OCR1A = 128-1; // Duty cycle 50% (Anm. ob 128 oder 127 bitte prüfen)
Welche Werte müsste ich für PD3 ändern?
Code:
DDRD |= (1<<PD3);
TCCR?? = (1<<WGM10) | (1<<COM1A1); 
TCCR?? = (1<<CS11) | (1<<CS10); 
OCR?? = 128-1;