Nein, den S2 kann man nicht falsch einlöten.
Es wäre aber möglich, dass er "andersherum" schaltet (ähnlich wie S1). Jedenfalls müssen die unteren beiden Lötpunkte des S2 (also die zur Platinenmitte hin) verbunden sein, damit es klappt.
Nimm doch einfach die Stellung von S2, bei der die MultiIO mit Netzteil an B1 funktioniert.
WICHTIG: Es darf dann keine Verbindung mehr zum RP6 an VDD und +UB mehr geben!!! (Das ist mit der Schalterstellung, die du angegeben hast, aber auch so ok!)