Was heißt denn er "behält" den Wert nicht?

Und hast Du in der PWM2-ISR den Befehl M=M*0 ersetzt durch M=0?

Und wie hast Du es jetzt gelöst, dass bei E=1 die ganze Verschieberei in der ISR übersprungen wird? D.h. wie "springst" du jetzt aus der ISR PWM1?