Bzgl. strncmp und strtok ein klein wenig Lektüre mit Beispielen :

strncmp und für strtok

Eventuell hilft dir das ja weiter. Zum testen kann man das Ganze ja auch zuvor mit einer statischen Sequenz und einem kleinen C-Prog auf dem Rechner implementieren und Testen. Dann musst du nicht ständig flashen und das Debuggen ist auf dem PC oftmals leichter als auf dem AVR.