Ich versuche mal, Antworten auf deine Fragen zu geben:

1. Kommt ganz drauf an, womit du antreibst (wahrscheinlich irgendwas Spindelmäßiges, aber welche Steigung?), auf die zu bewegenden Massen, die Reibung und die vorraussichtlichen Bearbeitungskräfte beim Fräsen. Einen Richtwert wird man da kaum liefern können, daher wird dir nichts übrig bleiben, als das mal durchzurechnen.
2. Ich vermute mal, dass es da nicht wirklich auf das Programm ankommt, schließlich kann man da eigentlich alles nach Bedarf zurechtskalieren. Solange die Einstellungen im Programm mit den mechanischen Parametern deiner Fräse übereinstimmen, sollte nichts schief gehen, da kommt es schon eher drauf an, was für Formen du fräsen willst.
3. Hmm, da kenn ich mich nicht so recht aus. Ich denk mal, dass Profilschienenführungen oder diese Wellenführungen mit Anbauflansch gute Alternativen darstellen. Aber auch da müsstest du wohl mal berechnen, was für Kräfte die in welche Richtung auszuhalten haben und wie sehr die sich dabei vorraussichtlich verformen, um dich mit Sicherheit für eine Größe entscheiden zu können.
4. Das kommt wiederrum auf die Motoren an. Sie muss auf jeden Fall die nötige Leistung für die Motoren liefern können (also genug Strom und Spannung). Auch wenn du sagst, dass dir 0,1mm Genauigkeit reichen, würde ich nach Endstufen mit Mikroschrittfähigeit gucken, da diese die Schwingungen von den Motoren stark minimiert, wodurch die Bewegung ruhiger und auch leiser ausgeführt wird. Worüber soll denn die Endstufe gesteuert werden? Ich vermute mal Parallelport, oder?

Die Skizze des Aufbaus sieht soweit erstmal recht solide aus, allerdings ist auch nicht so viel zu erkennen. Gerade Details würden bestimmt noch mehr Aussagen zulassen.