nach meinem Verständnis muss der Prozessor doch angestossen werden, um ... zählen zu können ...
Ohhh - mein Prozessor läuft, wenn ich im Saft gebe, die Fuses ok sind usw. mehr Anstoß braucht der nicht. Aber Du meinst vermutlich, dass Du dem Prozessor irgendwie Dein Encodersignal "mitteilen" musst. Oder nicht?

Das Geheimnis heißt z.B. externer Interrupt, dann natürlich auch "Timer/Counter" (lies dazu mal das Datenblatt Deines Prozessors durch, da gibts mehrere Timer/Counter die verwendbar sind um a) Timer zu spielen - also ne Zeit zu messen oder einen Zeittakt zu bewirken oder b) um Counter zu spielen, d.h. z.B. Encoder-Signal-Flanken zu zählen . . . und da kann man sogar meist zwischen steigender, fallender oder irgendeiner Flanke auswählen.

... Für die Motoransteuerung ... habe ich ... Routinen entwickelt, die ... Korrektur ... bewirken ...
Das know how müsstest Du ja schon hier angewandt haben ! ? ! ?